У цей період намітився перехід від територіального принципу побудови місцевих митних установ до створення мережі митниць за федеративним принципом. Елементи цього принципу в організації митної справи закріплено в останньому радянському Митному кодексі, який набув чинності в березні 1991 р. Кодексом 1991 р. передбачалось створити такі координаційні органи: митно-тарифну раду і координаційну раду по боротьбі з незаконним обігом наркотичних засобів і психотропних речовин. Новий кодекс закріпив нову трьохланкову систему митних органів: центральний митний орган – регіональні митні управління – митниці. Центральним митним органом, який замінив ГУДМК, став Митний комітет. Суттєво змінилися його функції, орієнтовані в значній мірі на економічну модель регулювання зовнішньоекономічних відносин. Крім того, призначення керівників регіональних управлінь належало до компетенції урядів союзних республік.
Унаслідок політичних змін, що відбувалися на території СРСР в 1990 – 1991 рр., Митний кодекс 1991 р. фактично зіграв роль теоретичної бази для створення національного митного законодавства і органів у республіках. Тим більше, що процес створення національних митних систем як в УРСР, так і в РРФСР інтенсивно проходив улітку 1991 р.
Таким чином, розвиток радянських митних органів пройшов декілька етапів. Ці етапи відображали державну політику СРСР на соціально-економічному розвитку суспільства. Якщо в період воєнного комунізму народжувались проекти щодо повної відмови держави від митної справи, то з переходом до нової економічної політики можна спостерігати відродження митної системи та її розвиток на дореволюційній нормативній базі з митних питань. У період 1930 – 1940 рр. з переходом до жорсткого централізму, у тому числі у сфері зовнішньоекономічних відносин, роль, статус та функції митних органів значно звузились. Союзний уряд відмовися від принципів федералізму в питаннях організації митної справи, що діяв ще у перші роки існування СРСР. І лише активне входження СРСР після Другої світової війни в міжнародну торгівлю створило об’єктивні умови для організаційного виділення митного відомства в самостійний центральний орган управління митної справою.
